Occurrence of Escherichia coli in salmon sashimis commercialized in restaurants from Londrina - PR / Ocorrência de Escherichia coli em sashimis de salmão comercializados em restaurantes de Londrina - PR

The population interest for fish consumption has increased, mainly due to several beneficial nutritional properties presented by this food. In this context, oriental culinary also brings different eating habits as consume raw food, such as sashimi. A relevant food contaminant of fecal origin is Escherichia coli, able to become potentially harmful, when it acquires virulence factors, as Shiga toxin-producing E. coli (STEC). This study aimed to evaluate 30 samples of salmon sashimi regarding the presence of E. coli, as well as perform the genotypic characterization of virulence factors associated with STEC. Three samples were collected from 10 different restaurants, specialized in Japanese culinary in the city of Londrina - PR. The E. coli identification was performed using the Colilert® chromogenic substrate technique and biochemical tests, and for the investigation of virulence genes, stx1 and stx2, the polymerase chain reaction (PCR) was used. Among the 30 samples analyzed, 15 (50%) presented contamination by E. coli. However, in no sample were detected virulence factors associated with STEC. Although human diseases associated with STEC are poorly described in Brazil, it is possible to verify that fish, mainly those consumed raw, are potential transmitters of E. coli to humans. This can compromise the food safety of these products and, thus, characterize them as unsuitable for consumption. Therefore, it is necessary the adoption of preventive measures of contamination by E. coli in products intended to human consumption, beyond more research that can verify the potential of STEC as a fish contaminant. (AU)

O interesse da população pelo consumo de peixe tem aumentado, principalmente devido às diversas propriedades nutricionais benéficas apresentadas por este alimento. Neste contexto, a culinária oriental também traz diferentes hábitos alimentares, como consumir alimentos crus, tais como o sashimi. Um relevante contaminante alimentar de origem fecal é Escherichia coli, capaz de tornarse potencialmente danosa ao adquirir fatores de virulência, como E. coli produtora de toxina Shiga (STEC). Este estudo objetivou avaliar 30 amostras de sashimi de salmão quanto à presença de E. coli, bem como realizar a caracterização genotípica de fatores de virulência associados com STEC. Três amostras foram coletadas de 10 diferentes restaurantes especializados em culinária japonesa da cidade de Londrina - PR. A identificação de E. coli foi realizada utilizando a técnica de substrato cromogênico Colilert® e testes bioquímicos, e para a investigação dos genes de virulência, stx1 e stx2, a reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada. Dentre as 30 amostras analisadas, 15 (50%) apresentaram contaminação por E. coli. Contudo, em nenhuma das amostras foram detectados fatores de virulência associados com STEC. Embora as doenças humanas associadas com STEC sejam pouco descritas no Brasil, é possível verificar que os peixes, principalmente aqueles consumidos crus, são potenciais transmissores de E. coli aos humanos. Isto pode comprometer a segurança alimentar destes produtos e, assim, caracterizá-los como impróprios para o consumo. Portanto, é necessária a adoção de medidas preventivas de contaminação por E. coli nos produtos destinados ao consumo humano, além de mais pesquisas que possam verificar o potencial de STEC como um contaminante de peixes. (AU)

Antimicrobial activity evaluation and comparison of methods of susceptibility for Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing Enterobacter spp. isolates

Abstract The production of KPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) is the major mechanism of resistance to carbapenem agents in enterobacterias. In this context, forty KPC-producing Enterobacter spp. clinical isolates were studied. It was evaluated the activity of antimicrobial agents: polymyxin B, tigecycline, ertapenem, imipenem and meropenem, and was performed a comparison of the methodologies used to determine the susceptibility: broth microdilution, Etest® (bioMérieux), Vitek 2® automated system (bioMérieux) and disc diffusion. It was calculated the minimum inhibitory concentration (MIC) for each antimicrobial and polymyxin B showed the lowest concentrations for broth microdilution. Errors also were calculated among the techniques, tigecycline and ertapenem were the antibiotics with the largest and the lower number of discrepancies, respectively. Moreover, Vitek 2® automated system was the method most similar compared to the broth microdilution. Therefore, is important to evaluate the performance of new methods in comparison to the reference method, broth microdilution.

Comparação do sistema de identificação automatizado Vitek 2 e PCR-ITS para caracterização das espécies dos isolados clínicos de Candida spp / Comparison of Vitek-2 automated identification system and PCR-ITS for species characterization of clinical isolates of Candida spp

As infecções graves causadas pelo gênero Candida têm se tornado um desafio na questão diagnóstica, no intuito de se detectar e identificar o agente etiológico de forma ágil, precisa e padronizada nos laboratórios clínicos. A predição da susceptibilidade aos antifúngicos, bem como a necessidade da geração de dados epidemiológicos reforçam a importância da identificação rotineira adequada das espécies de leveduras envolvidas em infecções. Dentre as 200 espécies de Candida já descritas, C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. krusei e C. lusitaniae são mais frequentemente relacionadas a infecções em humanos. Todos os métodos fenotípicos de identificação de Candida apresentam limitações,em especial na caracterização de espécies não C. albicans, porém, a aplicação de métodos moleculares pode refletir no aumento de custo e tempo despendido para a obtenção de resultados laboratoriais. A fim de avaliara aplicação do sistema automatizado Vitek 2-YST ID (bio Merieux) aliado ao uso de agar cromogênico na identificação rotineira de espécies de Candida, foram testados 44 isolados de infecção invasiva por inoculação em agar cromogênico e no painel automatizado e realização de amplificação do DNA relativo às regiões do espaçador interno transcrito 1 e 2 do rRNA (PCR-ITS). Oligo nucleotídeos espécie específicos foram utilizados e o tamanho do produto amplificado foi correlacionado aos demais resultados. O sistema automatizado identificou 95,4% dos isolados quando em associação com as características coloniais observadas no meio cromogênico, porém, o uso de PCR-ITS ou metodologias mais sensíveis seria necessário para solucionar os demais resultados, ambíguos e errôneos.

Serious infections caused by genus Candida have become a challenge in the diagnostic question, in order todetect and identify the etiologic agent of agile, precise and standardized form in manner clinical laboratories. The prediction of susceptibility to antifungal agents, and the need to generate epidemiological data highlight the importance of routine identification of yeast species involved in infections. Among the 200 Candida species already described, C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. krusei and C. lusitaniae are most often related with infections in humans. All of the phenotypic methods of identification of Candida have limitations, especially the characterization of the species not C. albicans, however, the application of molecular methods may reflect the increased cost and spent time for obtain results on laboratory. In order to evaluate the implementation of the automated system Vitek 2 ID - YST(bioMerieux) combined with the use of chromogenic agar in the routine identification of Candida species were tested 44 isolates from invasive infection by inoculation of chromogenic agar and automated panel and realization DNA amplification for the internal transcribed spacer regions of rRNA 1 and 2 (ITS - PCR). Oligonucleotides specific species were used and the size of the amplified product was correlated to other results. The automated system identified 95.4 % of the isolates when in association with colonial features observed in chromogenic medium, however, the use of PCR -ITS or more sensitive methodologies would be needed to solve the other results, ambiguous and erroneous.

Evolução da resistência de Klebsiella pneumoniae no Hospital Universitário de Londrina no período de 2000 a 2011 / Evolution of resistance of Klebsiella pneumoniae in Londrina University Hospital from 2000 to 2011

O presente estudo teve como objetivo avaliar a evolução da resistência a antimicrobianos em isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae, no período de 2000 a 2011, no Hospital Universitário da Universidade Estadual de Londrina (HU-UEL). Foi realizada uma análise retrospectiva de 2.318 testes de sensibilidade aos antimicrobianos de K. pneumoniae, a partir de um banco de dados do setor de Microbiologia do Laboratório Clínico do HU. No período de 2000 a 2009, o principal mecanismo de resistência aos antimicrobianos β-lactâmicos observado foi a produção de β-lactamases do tipo ESBL (β-lactamase de espectro ampliado),que pode ser verificado pelo aumento da resistência de K. pneumoniae às cefalosporinas de 3a. e 4a. geração. No entanto, a partir de 2009 apareceram as primeiras cepas de K. pneumoniae produtoras de carbapenemase, comprometendo a eficácia dos carbapenêmicos. Os índices de resistência ao ertapenem variaram de 16%,em 2005, para 40%, em 2011. Outra classe de antimicrobianos comprometida foi a das fluoroquinolonas; para ciprofloxacina, os índices de resistência variaram de 13% a 62%, em 2001 e 2011, respectivamente.Os aminoglicosídeos tiveram oscilações de resistência durante o período estudado, chegando, em 2011,a valores de 56% e 30% para gentamicina e amicacina, respectivamente. Enquanto isso, sulfametoxazol/trimetoprim e piperacilina/tazobactam alcançaram índices de resistência de 60%, nesse mesmo período. O aumento de resistência em K. pneumoniae neste hospital evidencia a necessidade de adequação do tratamento de infecções por este agente e de adoção o de medidas apropriadas que visem ao controle de infecções, bem como ao uso adequado dessas drogas.

The present study aimed to evaluate the evolution of antibiotic resistance in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae in the period of 2000 to 2011, at the University Hospital of Londrina (HU-UEL). A retrospective analysis of 2,318 antimicrobial susceptibility tests of Klebsiella pneumoniae was performed from a database of the Clinical Laboratory of Microbiology of the University Hospital. In the period of 2000 to 2009, the main mechanism of resistance observed to β-lactam antimicrobials was due to the production of ESBL β-lactamase type (β-lactamase wide spectrum), which can be verified by the increased resistance of Klebsiella pneumoniae to 3rd generation cephalosporins and cefepime. However, the first strains of Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing appeared in 2009, compromising the efficacy of carbapenems. The rates of resistance to ertapenem ranged from 16%, in 2005, to 40% in 2011. Another class of committed antibiotics was the fluoroquinolones; for ciprofloxacin, resistance rates ranged from 13% to 62%, in 2001 and 2011, respectively. Aminoglycosides exhibited oscillations of resistance during the period studied, reaching,in 2011, values of 56% and 30% for gentamicin and amikacin, respectively. Meanwhile, trimethoprim/sulfamethoxazole and piperacillin/tazobactam reached about 60%, in the same period. Therefore, knowing the antimicrobial resistance of Klebsiella pneumoniae strains is essential for proper treatment of patients and adoption of appropriate measures that aims infection control, and proper use of these drugs.